Oi Gustavo.
   Recebi e dei uma lida transversal.
   Com calma vou comentar suas ideias preliminares.
   Voce conhece o trabalho em SOM do Marco Aurélio, que
   foi aluno de mestrado no INPE (CAP)?
   E o do Arimatéia?
   Procure estas referências internas.
   Um abraço,
   Miguel
   
   Mapas Auto-Organizáveis na Análise Exploratória de Dados Geoespaciais Multivariados
   Marco Aurelio Silva, Dissertcao Mestrado CAp, 2004
   http://www.dpi.inpe.br/teses/aurelio/

   SILVA, Marcos Aurélio S da ; MONTEIRO, A. M. V. ; MEDEIROS, José Simeão de .
   Visualization of Geosaptial Data by Component Planes and U-Matrix. 
   In: VI Brazilian Symposium on Geoinformatics - GEOINFO 2004, 2004, 
   Campos do Jordão. Anals of the VI Brazilian Symposium on Geoinformatics - GEOINFO 2004, 2004. v. vol 1

   
  Oi Gustavo,
  Mais um pouco.
  vamos ver sua proposta preliminar:

  "A intenção é de utilizar a rede neural Self Organizing Maps (SOM) 
  para a identificação dos agrupamentos que indiquem áreas    
  prioritárias para a recuperação florestal. 
  A SOM elencará as variáveis espaciais (em coordenadas métricas)
  para que a questão espacial seja considerada nesta abordagem. 
  As variáveis que abastecerão o SOM são: conectividade de fragmentos florestais,
  estimativa de perda de solo e efeitos perturbadores antrópicos. 
  Uma vez gerado o SOM, haverá a análise dos agrupamentos 
  visando a quantificação da frequencia de neurônios 
  vencedores por agrupamento no espaço geográfico (na bacia hidrográfica). 
  Esta frequência seria avaliada com índices de correlação espacial, 
  entre outros. A partir destas avaliações haverá a delimitação 
  das unidades prioritárias para Conservação Florestal."

  DE fato acho que voce deve dar uma boa olhada na dissertacao do marco Aurelilio
  que traz uma bibliografia tb especifica sobre o uso da SOM com dados espaciais e 
  algumas metricas para isso.
  Cuidados com aSOM: como escolher seu tamanho! Marcos tem dicas.
  Veja tambme trabalho no IJGIS de FerNando Bação,
 
  Carto-SOM: cartogram creation using self-organizing maps
  R. HENRIQUES, F. BAÇÃO and V. LOBO
  International Journal of Geographical Information Science
  Vol. 23, No. 4, April 2009, 483–511

  Um abraço,
  Miguel