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  OI Thales,
  Acho que voce tem um caminho, mas tenho algumas preocupacoes.
  ESpero que voce conheca a area de studo mas que tambem tenha familiaridade
  com as questoes que voce aponta.
  Explico melhor. Voce fala sobre ´fragmentos florestais´e fala sobre ´preservação´.
  O segundo tem a ver com a ´função´ a ser desempenhada pelos elementos em observação, neste caso
  os ´fragmentos´de floresta.
  Primeiro voce quer ´detectar´ e ´identificar´ os ´fragmentos florestais ´ com NDVI.
  Já vejo alguns problemas ai. Mas, se voce defnor os seus tais ´framentos florestais´ talvez possamos pensar 
  nisso. A metodologia mais estabelecida para capturar ´fragmentos florestais´é aquela utilizada pela
  SOS mata Atlantica com o INPE para mapear o que sobrou ( muitos fragmentos da mata atltantica!).
  Entao aconselho a olhar como é feito ali e que adaptacoes voce teria que trabalhar para sua area,
  que é ´amazônia legal´ mas que sabemos envolve parte de cerraão e ´reas de transição da floresta ambrofila densa amazonica.
  Segundo, as métricas que voce se refere são metricas dentro do campo da ecologia que conhecemos com 
  ecologia da paisagem e as metricas sao um idspoitvo instrumental destes estudos.
  Na ecologia da paisagem nos temos metricas ESTRUTURAIS e metricas FUNCIONAIS patra observar
  os eleentos e suas relacoes nesta paisagem
  Se voce quer utilizar a ideia dos fragmentos como elementos para politicas de PRESERVACAO serao
  necessarias nao soment metricas ESTRUTURAIS ( a maior parte das que voce apresentou) mas tambem 
  metricas FUNCIONAIS, que permitirao aquele ´fragmento´exrecer naquela paisagem a propriedade que voce deseja associada 
  ao que voce deseja PRESERVAR ( oberve que PRESRVACAO é diferente de CONSERVACAO - as UCs podem atender, dependnedo de usa natureza
  a uma função aou outra!!)
  SE voce se sente confortavel co a area e com este debate no campo da ecologia 
  existe espaco para que voce faca um trabalho legal em geoprocessamento, mas ele exigirá
  bem mais conetudo quie somente o ouso e aplicao das metricas!
  abracos
  Miguel