Oi Gabriel!
 Em principio você tem questões de partida interessantes embora precise de cuidados
 para que o tamanho de seu projeto não o inviabilize. Isto é o tranalho do curso não seu mestrado!
 Aproveite o projeto, mesmo que reduzido para ganhar densidade na teoria (literatura , conceitos)
 e em métodos (menos te permite aprender mais) e a iniciar sua ´intimidade´com os dados.
 Então vamos lá para suas ideis ae os cuidados que você precisa ter , considerando meu entendimento
 do que você está proposndo.
 1 - Voce tem uma pergunta onde técnicas de GEo podem te ajudar a lançar luz em possiveis respostas e mais perguntas novas
 "o que os dados desse sistema de monitoramento  estão revelando   sobre   os   padrões   
 de   distribuição   espacial   dos   fragmentos de florestas? 
 Existe efeito da mudança de uso da terra na ocorrência (incidência e tamanho) 
 de florestas secundárias ao longo de 14 anos no estado do Pará?"
 2 - Observe, voce quer usar o Terraclass de 2004-2014, analisando a cada 2 anos, ou os 10 anos, 
 utilizando 2004 e 2014? Lembre-se que Floresta secundária é cobertura e não uso! 
 Há usos em área de floresta secundária, mas 
 a classe em si é de cobertura e não de uso.
 3 - Voce vai CLASSICAR voce mesmo, florestas secundárias para o Pará ou vai usar a classe ´vegetação secundária´
 do TerraClaas que é a que repreenta parte desta regeneração, detsa ´floresta secundária´? porque voce diz que 
 vai ´mapear ... para o Pará' no text. eria bom não fazê-lo. USE O QUE EXISTE NESTE MOMENTO.
 4 - Voce quer trabalhar com os usos ou com as unidads de consevação, também não está claro o que você pretende
 fazer.
 5 - O Kernel é o método que produz, em geral, o que chamammos de mapas de áreas quentes, ou hhotspots, mas é um métido de
 Análise. Voce precise de alguma forma integrar dados através de algumas operacoes espacisi e utilizar metodos inferenciais
 como algebra de mapa e suas vaias variacoes,  modleos dinamicos espacialmente explicitos, etc. E não consegui 
 entender coom voce pretende ver o ´efeito da mudança de uso'(que uso ou usos?) na incidência e tamanho de fragmmentos.
 Aí tvz esteja o seu processo ' ineferncial' mas nete momento não consegui entender exatamente como você faria isso.
 Enfim, esclarecendo estas questões, você pode ter um bom projeto de GEO e cuidado com o tamanho da coisa.
 Tente reescrever seu projeto, focando , dando mais precisão ao que voce vai de fato realizar,
 abs
 Miguel