Oi Raissa,,
melhorou o foco.
Mas cuidado, leptospirose é uma doença que que ao olhar no agregado municipal
voce pode ter problemas na garantia destas associacoes.
Te sugiro olhar estes textos para melhorar sua compreensão sobre as relacoes ambiente-saude.

BARCELLOS, Christovam  and  SABROZA, Paulo Chagastelles. O lugar do caso: leptospirose e riscos associados a condições ambientais durante o surto de 1996 
na Zona Oeste do Rio de Janeiro. Cad. Saúde Pública [online]. 2001, vol.17, suppl., pp.S59-S67. ISSN 0102-311X.  http://dx.doi.org/10.1590/S0102-311X2001000700014.

Christovam Barcellos, Célia Beatriz Lammerhirt, Marco Antonio B. de Almeida, Edmilson dos Santos.Distribuição espacial da leptospirose
no Rio Grande do Sul, Brasil: recuperando a ecologia dos estudos ecológicos. Cad. Saúde Pública, Rio de Janeiro, 19(5):1283-1292, set-out, 2003

Daniele Maria Pelissari et al. Revisão sistemática dos fatores associados à leptospirose no Brasil, 2000-2009.Epidemiol. Serv. Saúde, Brasília, 20(4):565-574,out-dez 2011

Wagner S. Tassinari et al. Detection and modelling of case clusters for urban leptospirosis. Tropical Medicine and International Health, volume 13 no 4 pp 503–512 april 2008

Caso voce use K- means, tente pensar em um K-means espacial, mas nao vi como voce pretende usa-lo.

Raissa tenho uma sugestão para voce.
Porque voce nao tenta fazer um trabalho parecido com o do artigo:
Christovam Barcellos, Célia Beatriz Lammerhirt, Marco Antonio B. de Almeida, Edmilson dos Santos.Distribuição espacial da leptospirose
no Rio Grande do Sul, Brasil: recuperando a ecologia dos estudos ecológicos. Cad. Saúde Pública, Rio de Janeiro, 19(5):1283-1292, set-out, 2003
Mas para A regiao metropolitana do vale do paraiba e litoral norte, que tem 39 municipios, bem diferentes entre si.
acho que voce pode fazer um bom trabalho, interessante e exploratorio.
Pense nisso.
Voce se apoia no artigo , começa repetindo a metodologia e onde der a melhora, p que acha??

abs
Miguel