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 Página referente ao andamento do meu doutorado, sob orientação do Dr. Antônio Miguel V. Monteiro
-== Resumo ==
+Para o que estou fazendo por esses dias: [[wiki atualmente]]
-O meu projeto de doutorado consiste no desenvolvimento de um sistema integrado para modelagem, estimação de parâmetros e apoio a decisão em fenômenos de iterações Clima-Ambiente-Saúde. O estudo de caso será feito com a Dengue, um dos maiores problemas da saúde pública brasileira. O modelo será baseado em autômatos celulares acoplados (abordando os humanos e as fases aquática e alada do vetor) e interligados (rede de movimentação de infectados), utilizando dados ambientais (via séries de fourier) e sócio-geográficos (via sistemas de informações geográficas, como o TerraView) - em meio urbano concreto, cidades reais - implementado em ambiente de fácil diálogo com bancos de dados geográficos espaço-temporais (compatíveis com a TerraLib 5.0 e com o R) e com ambientes de modelagem dinâmica (como o TerraME). Uma prova de conceito será apresentada com modelos calibrados via problema inverso (usando um algoritmo genético) para uma cidade de grande porte (~1 milhão hab) utilizando os dados geográficos de representação dos elementos urbanos das cidades, dados de clima e os dados coletados pelos setores de controle entomológico e epidemiológico, ou produzidos em experimentos pilotos nestas cidades. A generalidade do modelo será analisada aplicando-o a diversas outras bases de dados de diferentes cidades e características climáticas e sócio-demográficas. Este projeto procura contribuir com um laboratório onde os modelos das dinâmicas ganham características mais realistas e possam começar a ser introduzidos de fato nos serviços através do auxilio a decisão no delineamento de programas de controle e vigilância de endemias e epidemias urbanas, como a dengue.
-== Cronograma ==
+----
+  == Resumo ==
+O meu projeto de doutorado cunha o termo Redes Complexas de Base Territorializada (RCBT), em referência a Redes Complexas (RC) sob as quais a construção e a análise envolve o conhecimento direto da localização dos vértices e arestas no espaço geográfico.
+São três núcleos (etapas) bem definidos e interligados:
+. Núcleo conceitual (aspectos teóricos) - Após uma revisão da literatura do que mais se aproxima de uma RCBT, com foco especial nos modelos de geração de tais redes, são proferidos levantamentos sobre a demanda da inserção de "componentes geográficas" nas RC. A representação do espaço na teoria da RC é, contudo, topológica, mas não geográfica (KUBY, 2005), a localização dos vértices, a proximidade entre eles e o comprimento das arestas são tratados como irrelevantes: a imensa maioria dos trabalhos versam sobre a topologia e não sobre a geografia das redes (HAYASHI, 2006).
+. Núcleo computacional (laboratório integrado para implementação) - Os algoritmos propostos serão implementados, por meio de códigos C++, TerraLib (5.0) e R, utilizando as interfaces entre R e C++.
+. Prova de conceito (aplicação robusta) - O objetivo final é aplicar a metodologia desenvolvida em um problema real de grande porte no domínio da modelagem computacional de epidemias. Especificamente serão utilizadas redes de mobilidade urbana para guiar o Activity Space ({{:ser301-2011:leonardo_geoinfo2011.pdf}}) de uma robusta plataforma para modelagem e simulação de epidemias de Dengue em centros urbanos, denominada DengueME (relativa à rede PRONEX de modelagem da Dengue e ao projeto TerraME).
+A proposta de tese apresentada é consonante ao plano diretor do INPE (2011-2015), no qual um dos objetivos estratégicos é "Produzir dados, software e metodologias para fortalecer a atuação do INPE nas áreas da aplicações espaciais, da saude, educação, segurança pública e desenvolvimento urbano".
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+  == Cronograma ==
 Os primeiros papos referentes ao projeto começaram no 3º trimestre de 2010, quando fechamos as ideias centrais e fizemos a inscrição no programa de doutorado da CAP-INPE.
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   * 2011.2 -
     * Disciplinas - Matemática Computacional II (A), Computação Aplicada II ( ? ), Bancos da Dados Geográficos (A+)
-    * No trabalho final da disciplina de BDG, ministrada pela Profa. Dr. Lúbia Vinhas, foi feito um trabalho final de curso, já no caminho da defesa de proposta. O trabalho foi: partindo de um conjunto de arquivos CSV isolados, típicos de secretarias de saúde (ou facilmente preparados por tais), montar um banco de dados espaço-temporal, no caso para dados de epidemias. Usar a TerraLib 5.0 para ler tal banco e implementar o cálculo da correlação entre séries temporais.
+    * No trabalho final da disciplina de BDG, ministrada pela Profa. Dr. Lúbia Vinhas, foi feito um trabalho final de curso, já no caminho da defesa de proposta. O trabalho foi: partindo de um conjunto de arquivos CSV isolados, típicos de secretarias de saúde (ou facilmente preparados por tais), montar um banco de dados espaço-temporal, no caso para dados de epidemias. Usei a TerraLib 5.0 para ler tal banco e implementar o cálculo da correlação entre séries temporais.
   * 2011.3 -
-    * Disciplinas - Análise Espacial ( Em andamento ), Estudo Dirigido ( Em andamento )
+    * Disciplinas - Análise Espacial (A-), Estudo Dirigido (Aprovado)
+    * Apresentação de artigo completo no Worcap 2011 ({{:ser301-2011:leonardo_worcap2011.pdf}}) e no GeoINFO 2011 ({{:ser301-2011:leonardo_geoinfo2011.pdf}})
     * No trabalho final da disciplina de AE, ministrada pelo Prof. Dr. Antônio Miguel V. Monteiro, foi continuado o trabalho de BDG. A continuação se deu em três vertentes:
        * Vertente 1: implementação em TerraLib 5.0 de uma função para cálculo de distância entre séries temporais, e registo de uma tabela de metadados tanto dessa função quanto da referente à correlação.
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-Previsão para o 2º ano de doutorado:
+-- Sobre o 2º ano de doutorado:
+  * 2012.1 - Escrita e defesa da Qualificação ({{:ser301-2011:leonardo_qualificacao.pdf}}, {{:ser301-2011:leonardo_slidesquali.pdf}}). O eixo central da monografia foi a revisão da literatura do que mais se aproxima de uma RCBT, com foco especial nos modelos de geração de tais redes. Além disso foram revisados os conceitos básicos de RC, como índices e modelos de geração.
+  * 2012.2 - Escrita e defesa da Proposta ({{:ser301-2011:leonardo_proposta.pdf}}, {{:ser301-2011:leonardo_slidesprop.pdf}}). Neste documento foram proferidos levantamentos sobre a demanda da inserção de "componentes geográficas" nas RC. Foram apresentados e previamente analisados índices de RC que explicitamente traziam componentes geográficas. Além disso foi apresentado o laboratório computacional integrado que será utilizado para implementação da metodologia proposta.
+  * 2012.3 - Trimestre dedicado basicamente a duas tarefas: apresentação de um artigo completo no evento Worcap ({{:ser301-2011:leonardo_worcap2012.pdf}}), sobre a RC de mobilidade urbana da região metropolitana do Rio de Janeiro (RMRJ); e dedicação às reuniões do projeto DengueME da rede PRONEX, especialmente na questão de como modelar a mobilidade dos agentes humanos e interpretar sua influência na propagação da Dengue.
-  * 2012.1 - Escrita e defesa da Qualificação. Com disciplinas que envolvem: i) UML, ii) Séries de Fourier, iii) Processamento de Alto Desempenho, iv) Bancos de Dados Geográficos. A ideia é escrever uma monografia que relacione os 4 temas à pesquisa do doutorado, seja na parte do tratamento de dados seja na modelagem espacialmente explícita, baseada em Autômatos Celulares, para epidemias: estudo de caso no modelo epidemiológico mais básico de todos, o Susceptível-Infectado (SI) de transmissão direta.
-  * 2012.2 - Escrita e defesa da Proposta de doutorado. Evoluir, progressivamente, o modelo SI da Qualificação para um modelo mais realista para epidemias de Dengue. Fazer testes da estimação de parâmetros para reprodução de séries temporais e padrões espaço-temporais, via Problema Inverso (resolvido por um Algoritmo Genético). Avaliar a Estimação Dinâmica de Parâmetros e a possibilidade da previsão de epidemias.
-  * 2012.3 - Entre o 2º e 3º trimestre avaliar a possibilidade de um estágio sanduiche de 2 meses. E no 3º trimestre fazer algumas visitas técnicas, de uma a duas semanas cada, em grupos como: Instituto de Saúde Coletiva (Salvador), UFOP (Ouro Preto), Fiocruz (Rio de Janeiro), Rede Saudável (Recife), Escola de Saúde Pública da USP (São Paulo): visitas para amadurecimento do doutorando e do projeto em relação a diversos aspectos (de computacionais a entomológicos e epidemiológicos). Ao final do ano espera-se a preparação de alguns artigos para publicação em periódicos especializados.
+-- Previsão para o 3º ano de doutorado:
-Previsão para o 3º ano de doutorado:
+  * 2013.1 - Sequencia de 3 seminários: 1º (para o Miguel - final de fevereiro) com uma atualização da literatura e ideias, 2º (para o Miguel e, de repente, para a Flávia - meio de março) sobre mobilidade urbana, 3º (para todo o GeocxNets - final de março) sobre Redes Complexas de Base Territorializada e Mobilidade Urbana voltada para Modelagem Epidemiológica. Final de Janeiro reunião na FGV com o Flávio.
+  * 2013.2 - Preparação de um artigo completo para submissão à Physical Review E, com foco no 1º núcleo e estudo de caso com os dados reais de mobilidade urbana na RMRJ.
+  * 2013.3 - Concluir submissão do artigo citado e começar a preparação do artigo com o núcleo computacional (pode ser para congresso).
-  * 2013.1 - Estudo de caso central do projeto e deadline final para submissão dos artigos que constituirão a tese.
-  * 2013.2 - Análise dos resultados do estudo de caso central e junção dos artigos (publicados e submetidos) para confecção da tese.
-  * 2013.3 - Escrita final da tese. Possibilidade de defesa ainda em 2013, ou usar 2014 para aprimoramentos.
+-- Previsão para o 4º ano de doutorado:
+  * 2014.1 - Concluir submissão do artigo com o núcleo computacional (pode ser para congresso) e ajudar na preparação do artigo com o núcleo de aplicação: publicação do DengueME em revista de alto impacto.
+  * 2014.2 - Concluir submissão do artigo com o DengueME em revista de alto impacto. Começar escrita da tese.
+  * 2014.3 - Concluir escrita da tese.
+-- Previsão para o 5º ano de doutorado:
+  * 2015.1 - Defesa da tese, SE DEUS QUISER!!!!!