Ola Igor,
Voce escolheu uma area bastante grande.
Voce vai trabalhar com fragmentos e a metricas para estes fragmentos.
Voce vai trabalhar con dados de precipitação em resolução espacial muito mais grossa
que os seus dados de vegetação.
Há incertezas em todas as etpas de sua metodologia.
Cada métrica tem uma semantica e isso é importante para entender o comportamento deste fragmento.
Os melhores dados da mata atlantica nao sao os do mapbiomas mas sim os da SOS que tem o fragmentos!
A definição de seca para esta região precisa ser encontrada, e imagino que esta seja a unica razao para o dado de precipitação.
enfim, sugiro que voce reduza o recorte.
estabeleca o que voce chamara de ´seca´.
observe a INCERTEZA associada a classificacao de uso e cobertura e as estimativas de biomassa.
Voce nao esta fazendo analise multi-escala, nao vi isso e não faca neste momento.
Por fim , voce fala em padrões, idenficar e caracterizar padrçoes pode ser um bom rabalho de geoproc mas 
confesso que nao vi , no seu  texto, indivios de coom isso aparecerá.
abs
Miguel