Ola  Bruno,
Voce tem um bom começo!
Olhar os dados CAR e os dados PRODES é uma boa ideia.
No entanto, sua pergunta , que parece ser , avaliar ´qualidade´do dado CAR
de fato não se aplica exatamente!
São dados produzidos com resoluções espaciais mjuito diferentes e com propóitos
muito distintos.
É preciso entender MUITO BEM  as categorias do CAR e as classes do PRODES.
O simples cruzamento vetorial ou matricial desta base e NAO É UM TRABALHO DE GEOPROCESSAMENOT,
POIS NEST OPERAÇÃO ENTRE DUAS CAMADAS ESPACIAIS VOCE NÃO ESTÁ TRANSFORMANDO NEM PRODUZINDO DADO NOVO
OU DADO EM OUTRO CONTEXTO.
Acho que a ideia de trabalhar com o CAR é boa. Voce precisa entender melhor a sua natureza.
A ideia de trabalhar o cerrado e o recorte do cerrado baiano tb boa.
Voce especificou uma região.
Sugestão.
Verifique os dados do CAR em sua composição mais recente.
Utilize os dados PRODES em uma série histórica de 2007 ( antes do CAR) até o mais recente 2017, 10 anos.
Observe mais de perto as areas de RESERVA LEGAL PROPOSTA e as diferentes UPs.
Verifique e isole espacialmente as regiões onde a lei diz que deveria estar acontecendo uma coisa 
(a aprtir de 2008 por exemplo não poderia haver desmatamento em categoria
de RESERVA PROPOSTA) e veja 
em um primeiro momento como e onde está a aderência ao que estabelece o pacto que criou e estabeleceu o CAR.
Onde há aderência tente associar com outras informações para explicar poque ali funcionou e porque
não funcionou em outro lugar.
abs
Miguel